The Pirate Bay được thành lập vào tháng 9 năm 2003[7] bởi tổ chức chống bản quyền Thụy Điển Piratbyrån; nó đã hoạt động như một tổ chức riêng biệt kể từ tháng 10 năm 2004. The Pirate Bay lần đầu được điều hành bởi Gottfrid Svartholm và Fredrik Neij, người được biết đến với biệt danh là "anakata" và "Tiamo". Cả hai đều bị cáo buộc là "hỗ trợ trong việc chia sẻ nội dung có bản quyền trái phép" bởi Hiệp hội Điện ảnh Hoa Kỳ. Ngày 31 tháng 5 năm 2006, các máy chủ của trang web ở Stockholm đã bị khám xét và lấy đi bởi cảnh sát Thụy Điển, dẫn đến trang web bị ngưng hoạt động trong 3 ngày.

The Pirate Bay đã tham gia vào một số vụ kiện, cả ở vị trí nguyên đơn và bị đơn. Ngày 17 tháng 4 năm 2009, Peter Sunde, Fredrik Neij, Gottfrid Svartholm và Carl Lundström bị kết tội hỗ trợ vi phạm bản quyền và bị kết án một năm tù giam và nộp phạt 30 triệu SEK (4.200.000 USD;. 2.800.000 GBP; 3.100.000 EUR). Các bị cáo sau đó đã kháng cáo bản án.[8] Ngày 26 tháng 11 năm 2010, Tòa án tối cao Thụy Điển đã giảm thời hạn tù nhưng tăng tiền phạt lên 46 triệu SEK.[9] Vào 17 tháng 5 năm 2010, vì một mệnh lệnh chống lại nhà cung cấp dịch vụ cho TPB, trang web đã bị ngưng hoạt động trong một thời gian.[10] Truy cập vào các trang web sau đó được khôi phục với một tin nhắn bày tỏ niềm vui trên trang chủ. Ngày 23 tháng 6 năm 2010, nhóm "Piratbyrån" tan rã sau cái chết của Ibi Kopimi Botani, một thành viên quan trọng và là đồng sáng lập của nhóm.[11]

The Pirate Bay đã được lưu trữ trong nhiều năm bởi PRQ, một công ty Thụy Điển thuộc sở hữu của người sáng lập ra TPB - Gottfrid Svartholm và Fredrik Neij.[12] Tháng 5 năm 2011, Serious Tubes Networks bắt đầu cung cấp kết nối mạng đến The Pirate Bay.[13] Vào tháng 5 năm 2012, nhiều chủ sở hữu bản quyền đã đề nghị Google hơn 6.000 yêu cầu loại bỏ các liên kết dẫn đến The Pirate Bay từ các mục tìm kiếm của Google; với hơn 80.500 URL. Các chủ sở hữu bản quyền yêu cầu nhiều nhất là:. Froytal Services LLC, Bang Bros, Takedown Piracy LLC, Amateur Teen Kingdom, và Liên đoàn Công nghiệp ghi âm quốc tế (IFPI).[14] Ngày 10 tháng 8 năm 2013, The Pirate Bay đã công bố việc phát hành PirateBrowser, một trình duyệt web miễn phí được sử dụng để phá vỡ sự kiểm duyệt internet.[15] The Pirate Bay là trang web chia sẻ torrent được truy cập nhiều nhất từ năm 2003 cho đến tháng 11 năm 2014, khi KickassTorrents có nhiều khách truy cập hơn theo Alexa.[16] Ngày 8 tháng 12 năm 2014, Google loại bỏ hầu hết các ứng dụng Google Play từ cửa hàng ứng dụng của mình có tên "The Pirate Bay" trong tiêu đề.[17]

Ngày 09 tháng 12 năm 2014, The Pirate Bay đã bị cảnh sát Thụy Điển đột kích, thu giữ các máy chủ, máy tính và các thiết bị khác.[18][19][20][21][22][23] Một số các trang web torrent liên quan khác bao gồm EZTV, Zoink, Torrage và Istole cũng đã bị đóng cửa. Sau đó vài ngày, một số bản sao của The Pirate Bay đã được tạo ra, đặc biệt là oldpiratebay.org, được tạo ra bởi isoHunt.

Kể từ ngày 18 tháng 4 năm 2015, các người dùng mới có thể đăng ký trở lại. Trong thời gian vừa qua, các Admins đã xóa hàng ngàn tài khoản bị nghi ngờ là không lương thiện.[24]